Putera Jean-Christophe dilahirkan di Saint-Raphaël, Var, Perancis. Dia adalah anak kepada Charles Napoléon dan Putera Béatrice dari Bourbon-Dua Sicilia, anak sulungnya Putera Ferdinand dari Bourbon, Duke Castro, sebuah menuntut ke kepala dari bekas Wangsa Diraja Dua Sicilia.[1] Ibu bapanya bercerai pada 2 Mei 1989, dua bulan sebelum ulang tahun ke-3 Jean-Christophe.

Jean-Christophe adalah anak saudara Kaisar Napoleon I (yang tidak mempunyai keturunan langsung yang sah) melalui adik bongsu kaisar, Jérôme, Raja Westphalia. Melalui ibunya, dia keturunan Raja Louis XIV dari Perancis dan melalui neneknya yang besar, Puteri Clémentine of Belgium, ia turun dari William IV, Putera Orange, Charles III dari Sepanyol, Frederick William I dari Prussia, George II dari Great Britain dan Louis Philippe I, Raja Perancis, yang merupakan raja terakhir yang memerintah Perancis, sementara datuknya yang besar adalah Putera Napoléon Bonaparte, pewaris Maharaja Napoleon III, raja Perancis yang paling baru.